Viele endemische Tierarten auf den Galápagos-Inseln sind vom Aussterben bedroht. Sie sind in ihrem Lebensraum bedroht, vor allem durch die groβe Vielfalt an Flora und Fauna die von den Menschen absichtlich oder unabsichtlich auf die Inseln gebracht wurde. Unter den bedrohten Tierarten sind::
Mangrovenfink
Galápagos-Sturmschwalbe
Endemische Ratten
Haie
Galápagos-Albatros
Schildkröte der Insel Pinta
Landschnecken
Galápagos-Pinguin
Landleguan der Insel Santa Fe
Seegurken
Seit der Ankunft der Menschen auf den Inseln müssen Arten und Gemeinschaften von ursprünglichen und endemischen Pflanzen mit Veränderungen und Störungen in ihrer Umwelt zurechtkommen, die insbesondere durch die Einfuhr von bestimmten Arten verursacht wurden, welche das Gleichgewicht im Ökosystem der Inseln stören. Die botanischen Untersuchungen der Charles Darwin Forschungsstation konzentrieren sich auf den Schutz und Erhalt der ursprünglichen und endemischen Pflanzenarten sowie ihren entsprechenden Ökosysteme auf Galápagos. Unter den vom Aussterben bedrohten Pflanzen befinden sich: