La reserva marina de Galápagos se creó en 1998 y es un mundo con diversas especies endémicas y nativas que en su mayor parte no ha sido explorado.
No se conoce con exactitud la cantidad y los tipos de especies que conforman los ecosistemas marinos complejos, pero estos comprenden mamíferos marinos como los endémicos lobos marinos, focas peleteras, macabíes y peces cartilaginosos como los tiburones y las rayas, al igual que invertebrados marinos y especies de plantas.
Las Islas Galápagos tienen una extraordinaria variedad de aves. Los más famosos, naturalmente, son los pinzones, que son un claro ejemplo de la teoría de Darwin sobre la teoría de la evolución en base a la selección natural.
Como mínimo el 85% de las aves terrestres son endémicas del archipiélago, y varias de ellas son endémicas únicamente de una determinada isla del archipiélago. Además, las aves marinas comprenden a especies endémicas como el pingüino de Galápagos, el cormorán no volador y la elegante gaviota tijereta.
Por lo que más se conoce a Galápagos es por su fascinante variedad reptiles endémicos. La tortuga gigante es mundialmente conocida, y la iguana marina, único reptil que entra en el mar, es casi tan conocida como la tortuga marina.
Además, existen dos especies diferentes de iguanas terrestres. Hay siete especies de lagartijas de lava, muchas de las cuales están limitadas a ciertas islas, y una variedad de serpientes y gecos cuya existencia se sabe que es única de Galápagos.