El Galápagos Explorer II, está equipado para reducir el impacto en el archipiélago y apoyar a las comunidades locales, algunos ejemplos de nuestras acciones son:
Los jabones, detergentes y shampoo usados a bordo son biodegradables

La purificación de agua es reforzada con ozonización, la cual utiliza el ozono (el oxígeno puro) en lugar de cloro para purificar el agua. Los desechos orgánicos, papel y sólidos no tóxicos son incinerados a bordo.

El aluminio y plásticos junto con los desperdicios no biodegradables son comprimidos, empaquetados y entregados a la comunidad local para ser reciclados y procesados por el centro en San Cristóbal.

La basura biodegradable, y el cristal son triturados en pequeñas partículas, convirtiéndolas en arena, y eliminándolas en mar abierto de acuerdo a las regulaciones del Servicio del Parque Nacional Galápagos.
Brindamos entrenamiento permanente sobre la conservación de las islas a la tripulacion, logrando que todos estos pasos se cumplan, así como los reglamentos impuestos por el Parque Nacional Galápagos a las naves de crucero.

Dentro de nuestras capacitacion permanente incluimos a los estudiantes del Colegio Ignacio Hernandez en practicas de turismo sostenible, para beneficio de los habitantes de la isla.
Es imprescindible la asistencia de guías certificados en los recorridos por las islas.

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La operación del Galápagos Explorer II más allá de cumplir las normas impuestas por el Parque Nacional Galápagos, se preocupa por preservar el entorno de las Islas, aplicando procedimientos certificados y controlados por sistemas de gestión, que avalan que nuestra operación es segura para el medio ambiente y para nuestros pasajeros:
Nuestra política integrada comprende: 
1: Desarrollamos turismo sostenible en las Islas Galápagos, promoviendo  la seguridad a bordo y el cuidado ambiental entre nuestros colaboradores, huéspedes, proveedores y la comunidad.
2: Facilitamos los recursos necesarios a nuestro personal para desarrollar y motivar la seguridad de las operaciones y mitigar los impactos ambientales.
3: Mejoramos continuamente los procesos; y las competencias de nuestros colaboradores, para operar según las normas establecidas.

El Galápagos Explorer II obtuvo en el 2001 la certificación de “Smart Voyage - Rainforest Alliance” que reconoce que el turismo propiamente manejado puede contribuir a la conservación, al desarrollo sustentable y al mejoramiento de la pobreza, y en el 2008 fue certificada  ISO 14001  por la única norma internacional que nos permite establecer, documentar, implantar, mantener y mejorar continuamente un sistema de gestión ambiental.

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Nuestra operación se ha caracterizado por estar siempre a la vanguardia, la seguridad del entorno, de los pasajeros y de la embarcación son nuestra prioridad, nuestra embarcación ha sido certificada por:
* Certificado ISM (International Safety Management (ISM))
* Certificado ISPS (International Ship and Port Facility Security Code (ISPS Code))
* Certificado Internacional de Seguridad SOLAS (Safety of Life at sea)
* Certificado Internacional de Línea de Carga (ILLO)
* Certificado Internacional de Prevención de la Contaminación IOPP (MARPOL) (International Convention for the Prevention of Pollution from Ships)

Los pasajeros son un actor importante para la seguridad durante su visita, por esta razón, todos están obligados a seguir las indicaciones para su protección y seguridad en el crucero. Implementando nuestras recomendaciones, usted puede ayudarnos a garantizar que su crucero sea seguro e inolvidable. Cuando llegue a bordo, lo invitados a revisar la carpeta de su suite que contiene las instrucciones que deberán ser acatadas en todo momento durante su estancia a bordo del Galápagos Explorer II.

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El Galápagos Explorer II se caracteriza también por su constante apoyo a la comunidad de Galápagos por medio de obras sociales y el aporte a la educación, como en la actualidad que apadrina al Colegio Técnico Ignacio Hernández, ubicado en la Isla San Cristóbal, al que dona material didáctico para los alumnos que se especializan en la carrera de Hotelería y Turismo, a quienes también les brinda la oportunidad de realizar practicas y recibir entrenamiento a bordo.

Otras formas de apoyo a la comunidad son la compra en las islas de la mayoría de los productos que se consumen a bordo del buque, y la participación logística de los colonos en las operaciones de la nave en tierra.

El Galápagos Explorer II apoya la conservación de las Islas participando en los programas del Parque Nacional Galápagos, Estación Charles Darwin, Municipio de San Cristóbal, Patronato Municipal en San Cristóbal, INNFA San Cristóbal, Fundación Galápagos y otras escuelas y organizaciones locales.

Algunos desechos procesados son cedidos a la comunidad local para ayudarles en los proyectos de reciclaje.

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